<div dir="ltr"><p>Thanks! It seems that there are some ambiguities in the MOLDEN format: the centers of basis functions in [MO] can be reordered according to the atoms either in the [Atoms] section or in the [GTO] section if they don't agree. In Molden, Gabedit, and Molpro, the latter is assumed.</p>
<p>Best regards,<br>Wenli<br></p></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 24, 2014 at 11:19 AM, Peter Knowles <span dir="ltr"><<a href="mailto:KnowlesPJ@cardiff.ac.uk" target="_blank">KnowlesPJ@cardiff.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I don't think there is a problem here. Although the atoms handed to Molden are not reordered, the basis functions are, and this is consistent with the MO coefficients that are produced.<br>

Peter<br>
<div><div class="h5">On 28 Feb 2014, at 05:35, ZOUWL <<a href="mailto:qcband@gmail.com">qcband@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear developers,<br>
><br>
> The input file of HF/STO-3G calculation of C2H6 is given below.<br>
> With and without symmetry, the ordering of atoms in the [Atoms] section of the Molden file are the same,<br>
> but the MO coefficients are different. For example, orbital 1.4 (E = -0.4566),<br>
><br>
>       without symmetry   with symmetry<br>
>    1   0.00000000000     0.00000000000<br>
> ...<br>
>   12   0.33901515512     0.00000000000<br>
>   13  -0.33901461639     0.33901488579<br>
>   14  -0.00000053873    -0.33901488579<br>
>   15  -0.33901461639    -0.33901488579<br>
>   16   0.33901515512     0.33901488579<br>
><br>
> It seems the problem is in [Atoms]. The atoms should be reordered as in the output file.<br>
><br>
> ***,C2H6<br>
> memory,20,m<br>
> basis=sto-3g<br>
> ! symmetry,NOSYM;<br>
> geometry={<br>
> C         0.0000000000        0.0000000000       -0.7632315550<br>
> C         0.0000000000        0.0000000000        0.7632315550<br>
> H         1.0171173269        0.0000000000       -1.1593727325<br>
> H        -0.5085586635       -0.8808494438       -1.1593727325<br>
> H        -0.5085586635        0.8808494438       -1.1593727325<br>
> H        -1.0171173269        0.0000000000        1.1593727325<br>
> H         0.5085586635       -0.8808494438        1.1593727325<br>
> H         0.5085586635        0.8808494438        1.1593727325<br>
> }<br>
> rhf;<br>
> put,molden,c2h6.mol<br>
> ---<br>
> Best regards,<br>
> Wenli<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Molpro-user mailing list<br>
> <a href="mailto:Molpro-user@molpro.net">Molpro-user@molpro.net</a><br>
> <a href="http://www.molpro.net/mailman/listinfo/molpro-user" target="_blank">http://www.molpro.net/mailman/listinfo/molpro-user</a><br>
<br>
--<br>
Prof. Peter J. Knowles<br>
School of Chemistry, Cardiff University, Main Building, Park Place, Cardiff CF10 3AT, UK<br>
Telephone <a href="tel:%2B44%2029%20208%2079182" value="+442920879182">+44 29 208 79182</a> Email <a href="mailto:KnowlesPJ@Cardiff.ac.uk">KnowlesPJ@Cardiff.ac.uk</a><br>
WWW <a href="http://www.cardiff.ac.uk/chemy/contactsandpeople/academicstaff/knowles.html" target="_blank">http://www.cardiff.ac.uk/chemy/contactsandpeople/academicstaff/knowles.html</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>