<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear Laura,<div class=""><br class=""></div><div class="">In the Cs calculations the coefficients correspond to symmetry adapted basis functions. Atoms 4 and 5 are symmetry equivalent atoms, which means that they form symmetric or antisymmetric orbitals with respect to the symmetry plane. For instance a basis function 1s on atoms 4 and 5 will give the following symmetry adapted basis functions: 1/sqrt(2) (1s4 + 1s5) and 1/sqrt(2) (1s4 - 1s5), corresponding to A’ and A’’ CS point group symmetry, respectively.</div><div class="">In such a case, molpro only gives the coefficients on atom 4. You must thus consider that the coefficients are the same on atoms 5, with a sign change for molecular orbitals of A’’ symmetry.</div><div class="">Be careful that the symmetry adapted orbitals are normalized: you can check that C1 and CS coefficients differ by a factor of sqrt(2).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">best wishes</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Jacky</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">Le 21 mai 2018 à 18:11, Hao, Hongxia <<a href="mailto:hongxia_hao@brown.edu" class="">hongxia_hao@brown.edu</a>> a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Dear Molpro users,<div class=""><br class=""></div><div class="">When I tried to do a molecular orbital composition analysis, I read the basis function coefficients from the <b class="">electron orbitals</b> section. But when I open the symmetry of the geometry, it cannot print all the basis, but have all the basis information when I closed the symmetry option. For example, CH3I molecule, </div><div class=""><br class=""></div><div class="">when I use C1 point group, it showed all the coefficients of 5 atoms like the following:</div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""></blockquote>1 1s      1 1s      1 1s      1 1s      1 1s      1 2px     1 2py     1 2pz     1 2px     1 2py  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""></blockquote>1 2pz     1 2px     1 2py     1 2pz     1 2px     1 2py     1 2pz     1 3d0     1 3d2-    1 3d1+<br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>1 3d2+    1 3d1-    1 3d0     1 3d2-    1 3d1+    1 3d2+    1 3d1-    1 3d0     1 3d2-    1 3d1+<br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>1 3d2+    1 3d1-    1 4f1+    1 4f1-    1 4f0     1 4f3+    1 4f2-    1 4f3-    1 4f2+    2 1s  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>2 1s      2 1s      2 1s      2 2px     2 2py     2 2pz     2 2px     2 2py     2 2pz     2 2px  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""></blockquote>2 2py     2 2pz     2 3d0     2 3d2-    2 3d1+    2 3d2+    2 3d1-    2 3d0     2 3d2-    2 3d1+<br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>2 3d2+    2 3d1-    2 4f1+    2 4f1-    2 4f0     2 4f3+    2 4f2-    2 4f3-    2 4f2+    3 1s  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>3 1s      3 1s      3 2px     3 2py     3 2pz     3 2px     3 2py     3 2pz     3 3d0     3 3d2-<br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>3 3d1+    3 3d2+    3 3d1-    4 1s      4 1s      4 1s      4 2px     4 2py     4 2pz     4 2px  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""></blockquote>4 2py     4 2pz     4 3d0     4 3d2-    4 3d1+    4 3d2+    4 3d1-    5 1s      5 1s      5 1s  <br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>5 2px     5 2py     5 2pz     5 2px     5 2py     5 2pz     5 3d0     5 3d2-    5 3d1+    5 3d2+<br class=""><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class=""> </blockquote>5 3d1- <div class=""><br class=""></div><div class="">But when I use Cs point group, it only showed coefficients for 4 atoms like the following:</div>1 1s      1 1s      1 1s      1 1s      1 1s      1 2py     1 2pz     1 2py     1 2pz     1 2py  <br class="">1 2pz     1 2py     1 2pz     1 3d0     1 3d2+    1 3d1-    1 3d0     1 3d2+    1 3d1-    1 3d0  <br class="">1 3d2+    1 3d1-    1 4f1-    1 4f0     1 4f3-    1 4f2+    2 1s      2 1s      2 1s      2 1s   <br class="">2 2py     2 2pz     2 2py     2 2pz     2 2py     2 2pz     2 3d0     2 3d2+    2 3d1-    2 3d0  <br class="">2 3d2+    2 3d1-    2 4f1-    2 4f0     2 4f3-    2 4f2+    3 1s      3 1s      3 1s      3 2py  <br class="">3 2pz     3 2py     3 2pz     3 3d0     3 3d2+    3 3d1-    4 1s      4 1s      4 1s      4 2py  <br class="">4 2pz     4 2px     4 2py     4 2pz     4 2px     4 3d0     4 3d2+    4 3d1-    4 3d2-    4 3d1+<div class=""><br class=""></div><div class="">What should I do if I want to keep the symmetry and want to have all the coefficients for all the atoms in my system?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Thanks in advance!</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Sincerely</div><div class="">Laura</div></div>
_______________________________________________<br class="">Molpro-user mailing list<br class=""><a href="mailto:Molpro-user@molpro.net" class="">Molpro-user@molpro.net</a><br class="">http://www.molpro.net/mailman/listinfo/molpro-user<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>